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この公園は鹿児島から1,200km、沖縄本島から430kmばかり南方に浮かぶ西表島をはじめとし、石垣島との間に点在する黒島、竹富島、新城(あらぐすく)島、小浜島などと、それらを取り囲む海域からなっています。 西表島にはマングローブ(紅樹林。熱帯や亜熱帯の海岸や河口の海水、または淡海水に生える常緑低木、あるいは高木の一群)やカシ、シイ、タブなどの照葉樹の原生林があり、北の知床と好一対の原始地域をなしています。そして、その原始地域には、20世紀最大の哺乳類の発見とまでいわれたイリオモテヤマネコが生息しています。大事に保護していかなければなりません。 また、竹富島から石垣島にかけてのサンゴ礁もこの公園の見どころです。それは長さ20km、巾15kmのわが国最大のもので、テーブル状やエダ状のサンゴが密生し、その間をスズメダイ科やチョウチョウウオ科の熱帯魚が泳ぎまわっています。この一帯の海中公園 地区は4ヶ所、面積は全部で213.5ha、いずれもわが国の亜熱帯性海中景観を代表するものです。
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